Вы же написали, что электромотор у вас включается только для насоса. Следовательно, это не силовая установка, к двигательной системе самолета не имеет отношения, и можно рассматривать как отдельное устройство. Управление им - как обычной сервой, с любого канала (только откалибровать его под синхрон с сервой камеры, "подружить" их). Просто сам мотор больше кушает энергии. В регуляторе обычно высокоомная развязка между цепью управления и силовыми проводами, так что включение мотора на электронику управления никак не повлияет - разве что работающий мотор немного понизит напряжение на батарее.
Если у вас бортовое питание аппаратуры через отдельный UBEC, то у регулятора нужно отключить красный провод. Иначе между питанием от UBEC и питанием от встроенного BEC регулятора будет конфликт, кто-то из них сгорит.
И еще: работающий мотор дает помехи в силовую цепь батареи (которые обычно не проходят в бортовое питание 5В). Для их компенсации в регуляторе стоят большие электролиты. Если камера у вас питается напрямую от этой же батареи без фильтров и стабилизаторов - помехи полезут в кадр. Просто от работающего мотора.